Identifikasi kandidat target obat ulcerative colitis UC menggunakan pendekatan genome - wide association studies GWAS catalog

Sianu, Rahman S. (2024) Identifikasi kandidat target obat ulcerative colitis UC menggunakan pendekatan genome - wide association studies GWAS catalog. S2 thesis, Universitas Ahmad Dahlan.

	Text (JUDUL) T2_2107045005_JUDUL__240129090150.pdf Download (1MB)
	Text (BAB I) T2_2107045005_BAB_I__240129084405.pdf Download (313kB)
	Text (BAB II) T2_2107045005_BAB_II__240127110314.pdf Restricted to Registered users only Download (669kB) | Request a copy
	Text (BAB III) T2_2107045005_BAB_III__240127110314.pdf Restricted to Registered users only Download (550kB) | Request a copy
	Text (BAB IV) T2_2107045005_BAB_IV__240127110314.pdf Restricted to Registered users only Download (788kB) | Request a copy
	Text (BAB V) T2_2107045005_BAB_V__240127110314.pdf Restricted to Registered users only Download (191kB) | Request a copy
	Text (Daftar Pustaka) T2_2107045005_DAFTAR_PUSTAKA__240127110314.pdf Download (507kB)
	Text (Lampiran) T2_2107045005_LAMPIRAN__240127110314.pdf Restricted to Registered users only Download (2MB) | Request a copy
	Text (Naskah Publikasi) T2_2107045005_NASKAH_PUBLIKASI__240127110613.pdf Download (472kB)

Abstract

Ulcerative Colitis (UC) merupakan suatu inflamasi kronis yang terjadi pada lapisan saluran cerna terutama pada rektum dan kolon. Faktor genetik merupakan salah satu penyebab terjadinya penyakit UC. Hal ini menjadi tantangan dalam menemukan obat baru untuk mengobati penyakit berdasarkan gen target tertentu. Maka tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi kandidat target terapi pada UC. Penelitian ini menggunakan Genomic – Wide Association Studies (GWAS) catalog untuk mengumpulkan data terkait variasi gen yang berhubungan dengan UC dengan p value <10-8. SNPs yang mengalami missense menjadi focus utama pada tahap ini. Pada tahap selanjutnya, menentukan gen target dengan dilakukan klasifikasi skor berdasarkan Six Functional Annotation Criteria meliputi Protein-Protein Interation (PPI), cis-eQTL, Biological Process, Cellular Component, Molecular Function dan KEGG pathway. Gen-gen yang menjadi target terapi kemudian diidentifikasi interaksi Gen-Obat dengan menggunakan Drugbank dan DGIdb database. Fokus utama dalam pemilihan kandidat obat baru yaitu obat yang memiliki aksi farmakologi dan belum dilakukan uji pra klinis maupun uji klinis. Dari analisis ini, diperoleh 760 SNPs dan 24 SNP yang mengalami missense. Berdasarkan kriteria enam anotasi fungsional diperoleh 16 gen yang memiliki skor ≥2, dimana 3 gen menunjukkan adanya interaksi dengan obat yang sudah di-approved sehingga berpotensi digunakan sebagai target terapi untuk UC yaitu PRKCQ, TLR4 dan SH2B3. Obat-obat yang berpotensi digunakan adalah Cyclobenzaprine (inhibitor TLR4), Tamoxifen dan Benzoyl Peroxide (inhibitor PRKCQ) dan Pazopanib (inhibitor SH2B3). Secara keseluruhan, penelitian ini telah menghasilkan kandidat obat paling menjanjikan yang belum dilaporkan sebagai obat anti UC dan menawarkan pendekatan penggunaan kembali obat untuk memberikan bukti empiris bagi penemuan obat terkait UC.

Item Type:	Thesis (S2)
Keyword:	Bioinfarmatik, drug repurposing, genomik, GWAS, ulcerative colitis.
Subjects:	R Medicine > R Medicine (General) R Medicine > RS Pharmacy and materia medica
Depositing User:	userperpus1 userperpus1
Date Deposited:	13 May 2024 03:21
Last Modified:	13 May 2024 03:21
URI:	http://eprints.uad.ac.id/id/eprint/63248

Actions (login required)

View Item